Финансирование муниципальных целевых программ определяется на стадии их разработки, рассмотрения и утверждения органами местного самоуправления.

В зависимости от типа программы,  источниками ее финансового обеспечения могут быть:

- средства федерального и регионального бюджетов;

- средства бюджета муниципального образования;

- собственные средства предприятий и организаций (нераспределенная прибыль, амортизационные отчисления, акционерный капитал, работы, выполненные собственными силами в рамках реализации проекта и т.п.);

- средства из различных внебюджетных фондов;

- средства частных отечественных и зарубежных инвесторов, заинтересованных в реализации программ (или ее отдельных мероприятий);

- банковские кредиты;

- заемные средства (распространение акций, ценных бумаг и т.д.);

- другие внебюджетные источники финансирования.

Принципиальное значение имеет увязка процессов разработки и принятия  программ с формированием и проведением бюджетной политики [2, с. 88]

Основой построения структуры программы социально-экономического развития муниципального образования, формирования механизмов ее реализации является бюджетный процесс, его анализ, планирование и прогнозирование развития, поскольку:

1) именно анализ состояния муниципального бюджетного процесса позволяет выделить программы (в том числе и инвестиционные), развитие которых и должны являться приоритетными для администрации, должны обеспечиваться бюджетной поддержкой (в том числе федеральной и региональной);

2) планирование и прогнозирование муниципального бюджетного процесса дает необходимую базу для формирования социальных программ и планирования их ресурсной обеспеченности.

Таким образом, изначально в части финансового обеспечения программа должна быть в полной мере согласована с бюджетом. По сути, это составляющая бюджета, обоснование бюджетных расходов с точки зрения результатов.

Муниципальные целевые программы финансируются в соответствии с утвержденными объемами по перечню муниципальных целевых программ, принятых к реализации в пределах расходов местного бюджета.

Согласно ст. 179 Бюджетного кодекса РФ объем бюджетных ассигнований на финансовое обеспечение реализации муниципальных программ утверждается решением о бюджете по соответствующей каждой программе целевой статье расходов бюджета в соответствии с утвердившим программу муниципальным нормативным правовым актом местной администрации муниципального образования.

За период с момента ввода в действие постановления о реализации Федерального закона «О поставках продукции для федеральных государственных нужд» от 26 июня 1995 г. N 594 существенно расширена правовая база финансирования. Анализ программ показывает, что с течением времени множественность источников финансирования программ возрастает. В настоящее время данному процессу благоприятствует принятие федеральных законов «Об ипотеке (залоге недвижимости)» от 16 июля 1998 года № 102-ФЗ, «О лизинге» от 29 октября 1998 года № 164-ФЗ, «Об иностранных инвестициях» от 9 июля 1999 года № 160-ФЗ, а также блока федеральных законов по конкретным соглашениям о разделе продукции, принятых в 1997-1999 годах [3, с. 23].

Механизм финансирования программ социально-экономического развития страны в целом довольно прост. Основная масса средств, направляемых на их развитие, выделяется из федерального бюджета. Однако, помимо такого распределения средств, в каждом субъекте Российской федерации проводится реализация региональных целевых программ, которые направлены на развитие федеральных целевых программ в рамках приоритетных национальных проектов (например, национальный проект «Доступное жилье»).

Из-за низкой нормы прибыли в муниципальных образованиях с особо сложными (критическими) социально-экономическими и экологическими проблемами, например, в зоне Севера, большое значение придается созданию федеральными органами специальных фондов регионального развития, политике дотаций (субвенций), ассигнований, грантов, а так же межбюджетных трансфертов.

Таким образом, в связи с недостаточностью своих собственных финансовых средств, определяющее значение приобретает взаимодействие с федеральными и региональными органами власти. Муниципалитеты, как правило, «встроены» в их программы социально-экономического развития. Значительную долю в муниципальной целевой программе составляют федеральные и региональные мероприятия, проводимые ими в муниципальных образованиях. Здесь федеральные и региональные органы власти участвуют организационно или в порядке софинансирования.

Важность взаимодействия с федеральными и региональными органами определяется и тем, что все  три субъекта действуют на одной и той же территории. Условия взаимодействия сторон, учет взаимных интересов и их согласование не проработаны и определяются сложившейся практикой, когда вышестоящие уровни занимают доминирующее положение по финансовым ресурсам, что заставляет муниципальные образования подстраивать к ним свои мероприятия.

В своих программах муниципалитеты базируются в основном на использовании региональных и местных бюджетных ресурсов. Но поскольку бюджетные средства не всегда могут обеспечить потребности социально-экономической системы территории, то при реализации целевых программ органы власти активно могут взаимодействовать с субъектами системы негосударственных финансовых институтов, например, в форме привлечения частных капиталов, предоставления государственных гарантий целевых кредитов коммерческих банков под конкретные объекты. Таким образом, утвержденные целевые программы могут реализоваться и за счет средств внебюджетных источников финансирования.

Конкретную структуру источников финансирования следует определять при формировании бюджета целевой программы с учетом специфики соответствующей программы и инвестиционных проектов.